Биолози први пут „видели” атомску структуру опне вируса ХИВ

УВЕРЕНИ СУ ДА ЋЕ ПОДАЦИ О ЊЕНОЈ СТРУКТУРИ ПОМОЋИ ДА СЕ НАПРАВИ ВАКЦИНА ПРОТИВ СИДЕ

• Направили 3-D слику опне (капсиде) вируса са 64 милиона атома, а за његово прављење био им је потребан суперкомпјутер од 11,5 петафлопа
• Структура капсиде је прилично једноставна јер представља мозаик од 12 „петоугаоника” и 216 „шестоугаоника”, састављених од неколико молекула једне беланчевине

         ГРУПА биолога из више земаља успела је да направи пун тродимензионални модел капсиде – заштитне опне вируса ХИВ!

         Како су објавили у часопис Natur, уверени су да ће подаци о њеној структури помоћи да се направи вакцина против сиде.

         „Утврдили смо да капсида ХИВа поседује две супротне особине. Јер, мора да штити свој генетски материјал од повреда, али и мора брзо да се отвара у тренутку када доспева унутар ћелије. Брзина отварања има велику важност јер не сме да буде ни превише брза, ни превише спора. Можда ћемо моћи да искористимо управо ту чињеницу”, изјавио је Клаус Шултен (Klaus Schulten) са Универзитета у граду Урбана у Илиноису  (САД).  

         Шултен и његове колеге су добили прву 3-D слику капсиде ХИВа са атомском резолуцијом након анализе података „микротомографије” ХИВ вируса уз помоћ суперкомпјутера.

         Ради тога су направили специјални рачунарски алгоритам, који је поступно састављао једне са другима „парчиће” капсиде, повезујући их са већ познатом структуром.   

         Њихов модел садржи 64 милиона атома, а за његово прављење био им је потребан суперкомпјутер Blue Waters са перформансама 11,5 петафлопа.

         Та „машина” је направљена у компанији Cray по наруџбини Универзитета у Илиноису и Националног центра за  апликације намењене суперкомпјутерима (National Center for Supercomputing Applications).

         Према речима Шултена и његових колега, структура капсиде је, зачудо, веома једноставна јер представља мозаик од 12 „петоугаоника” и 216 „шестоугаоника”, састављених од неколико молекула једне беланчевине.  

         Ови елементи су способни да мењају облик у широком дијапазону, у зависности од врсте везе са суседним фрагментима „мозаика”.

         Након анализе њихове структуре, научници су издвојили нарочите тројне спирале на граници „шавова” по површини вируса. Према њиховим речима, ови делови су јако битни за стабилност вирусне честице, што ће омогућити да се такве спирале користе као „мета” за будуће лекове и вакцине.

         Марија Петрова